Sede del museo è l'edificio: «Sanctuarium artis Elisarion», costruito nel 1927 dal pittore e poeta estone Elisàr von Kupffer. All'interno è presente una sala-archivio dedicata al complesso mondo di Elisàr von Kupffer e di Eduard von Mayer, nonché una piccola biblioteca con le pubblicazioni che furono alla base del «clarismo», ideologia dualistica sviluppata dal von Kupffer insieme all'amico von Mayer.